از خصوصیات بارز او شجاعت و شهامت بود. خط شکنی شبهای عملیات و جنگیدن با دشمن در روز و مقاومت در برابر سخت‌ترین پاتکها به خاطر این روحیه بود. روحیه‌ای که اساس و بنیان آن بر ایمان و اعتقاد به خدا استوار بود.

مجاهدت دائمی او برای خدا بود و هیچگاه اثر خستگی روحی در وجودش دیده نمی‌شد.

شهید زین‌الدین در کنار تلاش بی‌وقفه‌اش، از مستحبات غافل نبود. اعقتاد داشت که جبهه‌های نبرد، مکانی مقدس است و انسان دراین مکان، به خدا تقرب پیدا می‌کند. همیشه به رزمندگان سفارش می‌کرد که به تزکیه نفس و جهاد اکبر بپردازند.

او همواره سعی می‌کرد که با وضو باشد. به دیگران نیز تاکید می‌نمود که همیشه با وضو باشند. به نماز اول وقت توجه بسیار داشت و با قرآن مجید مانوس بود و به حفظ آیات آن می‌پرداخت.

به دلیل اهمیتی که برای مسائل معنوی قایل بود نماز را به تانی و خلوص مخصوصی به پا می‌داشت. فردی سراپا تسلیم بود و توجه به دعا، نماز و جلسات مذهبی از همان دوران کودکی در زندگی مهدی متجلی بود.

با علاقه خاصی به بسیجی‌ها توجه می‌کرد. محبت این عناصر مخلص در دل او جایگاه ویژه‌ای داشت. برای رسیدگی به وضعیت نیروها و مطلع شدن از احوال برادران رزمنده خود به واحدها، یگانها و مقرهای لشکر سرکشی می‌نمود و مشکلات آنان را رسیدگی و پیگیری می‌کرد. همواره به برادران سفارش می‌کرد که نسبت به رزمندگان احترام قائل شوند و همیشه خودشان را نسبت به آنها بدهکار بدانند و یقین داشته باشند که آنها حق بزرگی بر گردن ما دارند.

شیفتگی و محبت ویژه‌ای به اهل بیت عصمت و طهارت(ع) داشت. با شناختی که از ولایت فقیه داشت از صمیم قلب به امام خمینی(ره) عشق می‌ورزید. با قبلی مملو از اخلاص، ایمان و علاقه از دستورات و فرامین آن حضرت تبعیت می‌نمود. به دقت پیامها و سخنرانیهای ایشان را گوش می‌داد و سعی می‌کرد که همان را ملاک عمل خود قرار دهد و از حدود تعیین شده به هیچ وجه تجاوز نکند. می‌گفت:

ما چشم و گوشمان به رهبر است، تا ببینیم از آن کانون و مرکز فرماندهی چه دستوری می‌رسد، یک جان که سهل است، ای کاش صدها جان می‌داشتیم و در راه امام فدا می‌کردیم.

او در سخت‌ترین مراحل جنگ با عمل به گفته‌های حضرت امام خمینی(ره) خدمات بزرگی به جبهه‌ها کرد.

حفظ اموال بیت‌المال برای شهید زین‌الدین از اهمیت خاصی برخوردار بود. همواره در مسئولیت و جایگاهی که قرار داشت نهایت دقت خود را به کار می‌برد تا اسراف و تبذیر نشود. بارها می‌گفت:

در مقابل بیت‌المال مسئول هستیم.

در استفاده از نعمتهای الهی و حتی غذای روزمره میانه‌روی می‌کرد.

او خود را آماده رفتن کرده بود و همواره برای کم کردن تعلقات مادی تلاش می‌کرد. ایثار و فداکاری او در تمام زمینه‌ها، بیانگر این ویژگی و خصوصیتش بود.

برای اخلاص و تعهد آن شهید کمتر مشابهی می‌توان یافت.

او جز به اسلام و انجام تکلیف الهی خود نمی‌اندیشید. در مناجات و راز و نیازهایش این جمله را بارها تکرار می‌کرد:

ای خدا! این جان ناقابل را از ما قبول بفرما و در عوض آن، فقط اسلام را پیروز کن.

از آنجا که برادران، ایشان را به عنوان الگویی برای خود قرار داده بودند، سعی می‌کردند اخلاق و رفتارشان مثل ایشان باشد.

او شخصیتی چند بعدی داشت: شخصیتی پرورش یافته در مکتب انسان ساز اسلام. خیلی‌ها شیفته اخلاق، رفتار، مدیریت و فرماندهی او بودند و او را یک برادر بزرگتر و معلم اخلاق می‌دانستند. زیرا او قبل از آنکه لشکر را بسازد، خود را ساخته بود.

اخلاق و رفتار او باتوجه به اقتضای مسئولیتهای نظامی‌اش که دارای صلابت و قدرت خاصی بود، زمانی که با بسیجیان مواجه می‌شد برادری صمیمی و دلسوز برای آنها بود.

شهید مهدی زین‌الدین در زمینه تربیت کادرهای پرتوان برای مسئولیتهای مختلف لشکر به گونه‌ای برنامه‌ریزی کرده بود که در واحدهای مختلف، حداقل سه نفر در راس امور و در جریان کارها باشند. می‌گفت:

من خیالم از لشکر راحت است. اگر چند ماه هم در لشکر نباشم مطمئنم که هیچ مسئله‌ای به وجود نخواهد آمد.

در کنار این بزرگوار صدها انسان ساخته شدند، زیرا رفتار و صحبتهایش در عمق جان نیروهای رزمنده می‌نشست. بارها پس از سخنرانی، او را در آغوش خویش می‌کشیدند و بر بالای دستهایشان بلند می‌کردند.

او یکی از فرماندهان محبوب جبهه‌ها به شمار می‌آمد. فرماندهی که نور معرفت، تقوا، صبر و استقامت سراسر وجودش را فراگرفته بود و این نورانیت به اطرافیان نیز سرایت کرده بود. چنانچه گفته می‌شود: 70% نیروهای پاسدار و بسیجی آن لشکر، نماز شب می‌خواندند.

سردار رحیم صفوی جانشین محترم فرماندهی کل سپاه درباره او می‌گوید:

شهید مهدی زین‌الدین فرماندهی بود که هم از علم جنگی و هم از علم اخلاق اسلامی برخوردار بود. در میدان اسلام و اخلاق، توانا و در عرصه‌های جنگ شجاع، رشید، مقاوم و پرصلابت بود